В статье анализируется нефтегазовая отрасль как одна из системообразующих отраслей российской экономики, занимающая значительную долю в производстве ВВП. Эффективность системы управления интегрированной компанией в нефтегазовой промышленности во многом зависит от эффективности организации компании. В организационной структуре управления большинства российских интегрированных нефтегазовых компаний наблюдается чрезмерная концентрация управленческих функций на уровне высшего звена - генерального директора и его аппарата. Поэтому, прежде чем внедрить современные системы управления в интегрированные нефтегазовые компании, необходимо провести структурную реорганизацию в направлении перехода к матричной или мультидивизиональной организационной структуре управления на основе нового концептуального подхода к модернизации системы управления интегрированных нефтегазовых компаний и выделения подсистем развития.