Сформулированы вопросы, подчеркивающие необходимость трансформации системы государственного управления научной, научно-технической и инновационной деятельностью. Приведены положения для формирования возможных сценариев совершенствования системы управления. Показано, что реализация целевого сценария «Стратегии научно-технологического развития России» требует внесения принципиальных изменений в структуру и функции органов исполнительной власти, осуществляющих управление научной, научно-технической и инновационной деятельностью. К таким изменениям отнесено формирование единого государственного межведомственного центра управления научной, научно-технической и инновационной деятельностью. Приведены возможные альтернативные варианты формирования такого центра при условии сохранения действующих и формирования новых национальных исследовательских конгломераций по приоритетным направлениям научно-технологического развития страны. Сформулированы полномочия, основные задачи, функции и права центра с учетом национальных особенностей и накопленного опыта организации научной и научно-технической деятельности и внедрения достижений науки. Определены статус, роль и место РАН в системе государственного управления исследованиями и разработками, правоотношения центра с субъектами управления научной и научно-технической деятельностью. Предложено закрепить полномочия и функции такого центра законодательно, в том числе в правовых актах, для его обеспечения.