В Японии создана развитая инфраструктура государственной поддержки научных исследований, включая содействие исследовательской деятельности в частном секторе. Эта инфраструктура включает в себя правительственные органы, разрабатывающие и имплементирующие научно-техническую политику; институциализированную систему государственных планов и программ поддержки и финансирования исследований, а также учрежденные государством юридические лица, контролирующие процесс использования выделяемых на эти цели средств. Продолжением государственной инфраструктуры являются исследовательские и аналитические структуры и подразделения частного сектора, на долю которого приходится более 80% совокупных расходов на НИОКР. Значительную роль в организации НИОКР играют университеты, включая создаваемые при них исследовательские центры и институты.

Юридической базой научно-технологической политики является рамочный Закон о науке, технологиях и инновациях. Цели и текущие задачи этой политики формулируются в пятилетних «базовых планах» их развития, а их видение актуализируется регулярно обновляемой правительственной «стратегией инноваций».

Частью институциональной инфраструктуры и одним из инструментов научно-технологической политики являются «сквозные» надведомственные программы поддержки перспективных исследований и инноваций. Другим новым инструментом, наряду с традиционным бюджетным финансированием учреждений науки и образования, является формирование благоприятной среды для исследователей: устранение межотраслевых и межведомственных барьеров для информации, формирование национальных баз данных и цифровых платформ для научной информации.

Философия и основная задача научно-технологической политики эволюционировали от фронтальной поддержки исследований с учетом государственных приоритетов к целенаправленному поиску и финансированию проектов, способных внести максимальный вклад в реализацию долгосрочных экономических и социальных целей. Стимулирование исследований и инноваций рассматривается в качестве ключевого звена реализации национальной стратегии развития и подчиненной ее целям экономической и социальной политики. При этом объектом поддержки называется не имеющая отраслевой привязки «способность вести исследования, раздвигающие границы знания и создающие новую стоимость» в виде новых продуктов и рынков. Главной проблемой системы стимулирования исследований и инноваций является дефицит надежных объективных критериев и методов оценки эффективности финансовой и организационной поддержки, качества формируемой среды для этих видов деятельности.