В статье раскрыты основные положения трансакционной теории экономических институтов науки. Показано, что современная институциональная теория науки определяет как формирование экономико-теоретических взглядов, так и прикладных методик оценки развития экономических институтов. Представлены многолетние авторские результаты по эмпирическому анализу факторов воздействия на экономические институты инвенций, научных публикаций и научной мобильности.