В статье рассмотрены особенности инновационной системы Казахстана, формирующиеся под влиянием структурных, социокультурных, институциональных, предпринимательских, внешних и природно-климатических факторов. Показано отличие инновационной системы Казахстана от национальных моделей, распространенных в развитых странах. Обоснованы новые контуры инновационной системы Казахстана, которая может состоять из локальных, региональных и секторальных инновационных систем. Потенциально сегментированный характер инновационной системы Казахстана должен быть учтен при развитии ее институциональной модели, что требует дифференцированного подхода к подбору разных институтов и инструментов для разных видов инновационных систем.